بخش توحید کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن، یک بازنگری عمیق نسبت به مفهوم توحید ارائه می‌دهد و توحید را از یک مفهوم انتزاعی و صرفاً ذهنی به یک مفهوم واقعی در متن زندگی آدمی تبدیل می‌کند.

بخش دوم کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن، علاوه بر اینکه توحید را در ساختار ایجابی دینی جانمایی می‌کند، نقش آن را در منطق مخالفت ها و ساختاری سلبی اسلامی نیز تبیین می‌نماید.

توحید در اندیشه اسلامی مبتنی بر بخش ایمان در طرح کلی فهم می‌شود و زیربنای فکری فهم بخش نبوت و ولایت است.